В Assassin’s Creed Shadows игроки смогут управлять двумя героями – Наоэ и Ясукэ, но почти всю игру можно пройти одним персонажем.
Хотя серия уже экспериментировала с двумя протагонистами, позже Ubisoft отказалась от этой идеи в Odyssey и Valhalla. Теперь же механика возвращается, но с важным отличием: Наоэ и Ясукэ имеют совершенно разные стили боя и даже уникальные романтические линии.
По словам креативного директора Джонатана Дюмона, «ядро игры адаптируется» под выбранного героя, а уникальные квесты доступны только соответствующему персонажу.